Todos los digimon nacen de un digitama (デジタマ Dejitama), un huevo creado por datos de computadora. Estos tienen una gran variedad de formas (aunque usualmente es la de un huevo), tamaños y colores. Lo normal es que los digimon que eclosionan del digitama nazcan en su etapa Bebe I, pero en raros casos, algunos digimon pueden nacer en etapas superiores, como en la etapa Adulta o el cuerpo Perfecto. Además, en casos muy raros, los digitamas pueden producir digimon gemelos. Además de ser creados al momento de la muerte de un digimon, como ya se mencionó anteriormente, los digitamas pueden ser creados de forma aleatoria o a través de la reproducción de los digimon.

Cuando los paquetes de datos solitarios que viajan por la red se combinan unos con otros, estos forman digitamas de manera aleatoria. Este proceso es espontáneo y bastante raro, y normalmente, los digitamas creados de esta manera dan a luz a digimon de nuevas especies nunca antes vistas en el Digimundo.

En cuanto a la reproducción digimon, tanto en los videojuegos como en las sagas del anime o manga, esta característica no se trata directamente, aunque se dan algunas cuantas alusiones a la existencia de este proceso. Al parecer, los digimon pueden reproducirse de dos formas.

Una, y quizá la más común, es a través del cruce de razas. Por este método, dos digimon dividen parte de su información y la combinan para crear un nuevo digitama. Normalmente esto lo pueden hacer desde la etapa Adulta, aunque existen algunos digimon Niños que son excepción a esa regla. Dependiendo de los datos de los digimon que se cruzaron, el digitama podría dar a luz un digimon que pertenezca a la misma raza que uno sus padres o un digimon de una especie totalmente distinta.

La segunda forma es de manera axesuada. Los digimon de la etapa Adulta en adelante, están capacitados para crear una copia de sus datos y transformarla en un digitama que dará a luz a un descendiente.  Como se puede ver, la habilidad de copiar datos y crear digitamas no está limitada solo al momento de la muerte.

Biológicamente hablando, el género de un digimon es un tema muy complicado. Oficialmente, se ha establecido que los digimon no poseen "género". La primera fuente son las notas de diseño oficiales de Renamon y la segunda es en uno de los episodios de Digimon Tamers, donde la misma Renamon dice que los digimon "no están divididos como macho o hembra ".

Esto no es nada lógico, viendo que existen digimon específicamente diseñados para que parezcan un macho o una hembra, y no solo en el aspecto físico, sino también en su aspecto psicológico, sus voces demarcan mucho su género, y son referidos como "él" o "ella" comúnmente. Profundizando aún más, existen muchos ejemplos básicos de la diferencia de géneros, como por ejemplo un matrimonio digimon (Jijimon y Babamon) o la diferencia entre el Biyomon masculino de Digimon Savers y el Biyomon femenino de Digimon Adventure. Incluso el mismo Konaka, libretista de Digimon Tamers, indica que el "género sirve para identificar fácilmente a un digimon". También es notable el hecho de que algunos digimon demuestran un género en su nombre (Angemon - Angewomon, etc.).

Lo más probable es que se trate de una confusión semántica, ya que normalmente la palabra "género" es asociada con "sexo", aunque académicamente, ambas palabras tienen significados diferentes. Género se usa para definir la sexualidad mental de una persona. Los digimon definitivamente tienen esto. Sexo, por otro lado, se usa para definir su sexo físico. Solo un pequeño número de digimon presenta diferencias sexuales visibles (como pechos, etc.), por lo que es esto a lo que Konaka se refería — La falta de diferencias biológicas que clasifiquen a los digimon como macho o hembra.