Servidor Asuka:
Es uno de los cinco servidores donde se aloja el Digimundo en Digimon World 3 (2003) y Digimon World X (4), y donde se desarrolla la mayoría de la historia del Digimon World 3. Al principio de este juego, era el principal servidor del Digimon Online.

Regiones del Servidor Asuka:

• Ciudad Asuka: Es la principal ciudad del servidor y la única con un Digimon Lab. Tiene varios centros de entretenimiento y tiendas útiles para los Tamers. Se encuentra en el sector central del servidor.
• Bosque Wire: Un bosque en las cercanías de Ciudad Asuka. Viven digimon más o menos débiles, y es usado para el entrenamiento de los tamers novatos.
• Cabo Plug: Un cabo cercano al bosque Wire, donde se dice aparece el Cardmon marino.
• Bahía Shell: Una bahía cercana al cabo Plug.
• Lago de los Hangyomon (Divermon): Un lugar pacifico donde los tamers pueden ir de pesca.
• Praderas del Viento: Unas praderas en el sector oriental del servidor, donde queda Ciudad Seiryu.
• Ciudad Seiryu: La ciudad del sector oriental del servidor, aquí es donde esta uno de los cuatro tamers líderes del servidor Asuka.
• Selva Protocol: Una densa selva donde se hayan una viejas ruinas, custodiadas por Pharaohmon.
• Bosque Kicking: Un bosque cercano a Ciudad Seiryu y el Valle Tyrano.
• Valle Tyrano: Un valle semidesértico donde viven digimon dinosaurio. Es gobernado por Master Tyranomon.
• Estación del Este: La estación de transportes de la región oriental. Queda al sur del bosque Kicking.
• Cadena de Grietas subterraneas: Una gran cadena de grietas subterráneas que comunica las diferentes estaciones del servidor.
• Pantano Bulk: Un gran pantano queda en la región sur del servidor. Se divide en los pantanos BIOS y Tranquil.
• Estación del Sur: La estación de transportes de la región sur. Esta ubicada en el pantano Bulk.
• Pantano Tranquil: Uno de los pantanos que se dividen del pantano Bulk.
• Pantano BIOS: Uno de los pantanos que se dividen del pantano Bulk.
• Selva Grave: Una tupida selva cercana al pantano BIOS.
• Casa del Shaman: La casa de Sepikmon, ubicada cerca al pantano.
• Bahía Phoenix: Una bahía cercana a la Ciudad Suzaku.
• Ciudad Suzaku: La ciudad del sector sur del servidor, aquí es donde esta uno de los cuatro tamers líderes del servidor Asuka.
• Selva Ether: Una tupida selva al sur del servidor. En su centro hay un templo antiguo.
• Cabo del Sur: Un cabo que se conecta con el cabo Plug.
• Tierras Baldías: Una tierra erosionada en la región occidental del servidor. Están muy cercanas al Desierto Noise.
• Oasis Pelche: Un oasis entre el desierto Noise y las tierras baldías, donde los tamers puede descansar.
• Desierto Noise: Un gran desierto de la región oriental. Aquí se encuentra Ciudad Byakko.
• Ciudad Byakko: La ciudad del sector occidental del servidor, aquí es donde esta uno de los cuatro tamers líderes del servidor Asuka.
• Desierto Mobius: Un extraño desierto al sur del Desierto Noise.
• Valle Bullet: Un valle al sur de Ciudad Byakko. Aquí esta ubicada la extraña fabrica Dum Dum.
• Montañas Boot: Una cadena montañosa en el sector norte del servidor. Aquí esta ubicada Ciudad Genbu.
• Ciudad Genbu: La ciudad del sector norte del servidor, aquí es donde esta uno de los cuatro tamers líderes del servidor Asuka.
• Montaña Nevada: Una de las montañas de la cadena montañosa, desde la cual se puede acceder a una serie de dungeons subterráneos.
• Minas Kulon: Una serie de minas subterráneas dentre de la cadena de montañas.
   

Servidor Amaterasu:
Es uno de los cinco servidores donde se alojan el Digimundo en Digimon World 3 (2003) y Digimon World X (4). Dado que en un principio el servidor había sido reconfigurado por A.o.A., Amaterasu era un servidor oscuro, donde los digimon que vivían allí se creían los chicos "malos". Luego del final del juego, el servidor regresa a su estado normal y pasa a ser el nuevo servidor principal del Digimon Online.

Todos los servidores del Digimon Online comparten un mapa en común, por lo que el servidor Amaterasu tiene las mismas regiones que el servidor Asuka, aunque los nombres de las ciudades son distintos.

Regiones del Servidor Amaterasu:

• Ciudad Amaterasu: Es la principal ciudad del servidor y la única con un Digimon Lab. Tiene varios centros de entretenimiento y tiendas útiles para los Tamers. Se encuentra en el sector central del servidor.
• Ciudad Qing Long: La ciudad del sector oriental del servidor, aquí es donde esta uno de los cuatro tamers líderes del servidor Amaterasu.
• Ciudad Zhu Que: La ciudad del sector sur del servidor, aquí es donde esta uno de los cuatro tamers líderes del servidor Amaterasu.
• Ciudad Bai Hu: La ciudad del sector occidental del servidor, aquí es donde esta uno de los cuatro tamers líderes del servidor Amaterasu.
• Ciudad Xuan Wu: La ciudad del sector norte del servidor, aquí es donde esta uno de los cuatro tamers líderes del servidor Amaterasu.

Servidores Ikaruga e Izumo:
Son dos de los cinco servidores donde se aloja el Digimundo en Digimon World 3 (2003) y Digimon World X (4). Solo se mencionan en el juego y jamas son visitados. Dado que todos los servidores del Digimon Online comparten un mapa en común, es posible que estos servidores tengan las mismas regiones de los servidores Amaterasu y Asuka, aunque los nombres de las ciudades serán distintos.

Servidor Yamato/Doom:
Es uno de los cinco servidores donde se alojan el Digimundo en Digimon World 3 (2003) y Digimon World X (4). En el Digimon World 3 tan solo es mencionado, pero en el Digimon World X es aquí donde se realiza toda la acción (mientras que los demás servidores solo se mencionan). Dado que este fue el primer servidor atacado por el Programa X, su configuración fue totalmente cambiada (siendo llamado desde ese momento Servidor Doom), presentando así diferentes regiones respecto a los otros. Se desconoce si las ciudades fueron destruidas o simplemente reconfiguradas, pues no se visitó ninguna ciudad durante el juego. Para el tiempo en que ocurre Digimon World X, el servidor Yamato era el principal servidor del Digimundo.

Regiones del Servidor Yamato/Doom:

• Valle de la Muerte: La primera región del servidor, se encuentra en una zona montañosa.
• Paso del Goblin: Un camino en la montaña que es dominado por los Goburimon.
• Fuerte Goburimon: Es el hogar de los Goburimon, que queda en el paso del Goblin. En su cima estaba uno de los laboratorios de los Mecha Rogues.
• X Digimon Lab: Laboratorio de los Mecha Rogues en el Fuerte Goburimon. Era la guarida inicial del Mecha Rogue X.
• Caverna Humeda: El dungeon del paso del Goblin, donde viven los Numemon.
• Abismo del Dolor: Es la segunda área del Valle de la Muerte, donde es más frecuente la presencia de los Ogremon.
• Calabozo del Precipicio: El dungeon del abismo del dolor. Además de Numemon, aquí viven los Sukamon.
• Rio Numenume: Un gran rio al este del Abismo del dolor. Se llama así por que en sus costas viven los Numemon.
• Domo Doom: Un bosque más allá del rio Numenume. Aquí se encuentra la Base Doom.
• Base Doom: Un laboratorio en medio del bosque, reconfigurado para desarrollar el Programa X.
• Espacio de Apocalymon: La guarida de Apocalymon, a la cual solo se puede acceder desde la base Doom.
• Tierras Áridas: Un gran desierto que queda más alla de las montañas del Valle de la Muerte. Es la segunda región del servidor.
• Desierto de las Momias: La primera región del desierto es un lugar dominado por los Mummymon.
• Laberinto de Arena: Una vieja tumba donde estan enterrados los digimon muertos hace siglos. Una maldición afecta a los que se internan a estas viejas cavernas.
• Yermo del Dolor: Una antigua región del desierto, llena de plataformas que nunca fueron terminadas y habitada por poderosos digimon desérticos.
• Ruinas Antiguas: Un calabozo similar al Laberinto de Arena, y con una maldición igual de poderosa.
• Estadio de los Sobrevivientes: Un estadio de torneos ubicado en el yermo del Dolor, donde los digimon más poderosos se enfrentan a luchas mortales.
• Tren Storm: Un tren que viaja por las vías que estan en todo el desierto. Es la única forma de llegar a la Planta de Energía.
• Planta de Energía: Una planta que produce la energía de la Estación X. Es la región de las Tierras Áridas más cercana al Valle de la Muerte.
• Estación X: Un laboratorio de investigaciones ubicado en la parte más lejana del Yermo del Dolor. Esta base fue reconfigurada por los Mecha Rogues para convertirla en una antena de transmisión del Programa X.
• Laboratorio de Virus: Un laboratorio al interior de la Estación X. Fue reconfigurado para desarrollar el Programa X.
• Cámara del Demonio: La guarida de Belial Vamdemon, solo se puede llegar a esta por el Laboratorio de Virus.
• Selva Venom: La tercera región del servidor, y la que fue más violentamente reconfigurada convirtiéndose en una selva donde nacen plantas venenosas.
• Paso de los Geko: Uno de los dos dungeons de la selva, donde viven los Gekomon.
• Vena: El segundo dungeon de la selva y el más peligroso de todos los de la región, es el escondrijo de Diablomon.
• Bosque de los Manglares: Un bosque pantanoso, habitado en su mayoria por los Gekomon y los Otamamon.
• Puente Dread: Un gran puente creado para poder pasar por el "rio de veneno" que hay en la región norte de la Selva Venom. Es la unica forma de llegar a Dread Note.
• Dread Note: Una gran base satelital que fue reconfigurada por los Mecha Rogue para transmitir el Programa X por todo el Digimundo.
• Obelisco de Hades: La guarida de Lucemon Satan Mode, se encuentra en la cima de Dread Note.
• Fosa de las Maquinas: Una región exterior del servidor Yamato, donde los administradores del servidor guardan las maquinas de trabajo. Fue una de las zonas que fue totalmente reescrita luego de la invasión de los Mecha Rogues, convirtiéndola en su base de operaciones. Hay ocho dungeons en este lugar, que sirven como centros de entrenamiento para los miembros de la D.S.G.: la Caverna Bárbara, el Calabozo Doom, el Camino de los Ítems, el salón de Intercambio de Ítems, El Calabozo del Cautivo, el Patio de los No-Muertos, la Capilla Sellada, el Calabozo Maldito (la plataforma Worm), la Mina Eléctrica y el Nido de los Mechas.
• Núcleo Mecánico: El núcleo del servidor Yamato. Al ser reconfigurado por los Mecha Rogue, ellos lograron reescribir la información del servidor, transformándolo en el Servidor Doom.
• Núcleo Negro: El interior del Núcleo, donde viven los digimon más poderosos.
• Zona X: La guarida del Mecha Rogue X. Solo se puede llegar a esta desde el Núcleo Negro.

Servidor Home:
Un servidor externo del Digimundo que aparece en el Digimon World X (4). A diferencia de los otros servidores, el Servidor Home no hospeda el Digimundo, sino que es el cuartel general de la D.S.G. (Digital Security Guard), un grupo de digimon que protegen la paz del Digimundo. Es dirigido por Ofanimon y Seraphimon.

Regiones del Servidor Home:

• Área Terminal: La primera sección del servidor, donde se encuentra la sala de comunicaciones con los otros servidores.
• Área Central: La segunda sección  del servidor, donde esta la sección de investigación de desarrollo e investigación. El Digimon lab se encuentra aqui.
• Área de Tiendas: La tercera sección del servidor. Aquí estan las tiendas de la D.S.G.
• Área de Seguridad: La cuarta sección del servidor. Aquí se encuentran las consolas del control de seguridad.
• Sala de Comando: La quinta sección del servidor. Es la sección principal, donde se controla todo el servidor. Las oficinas de Ofanimon y Seraphimon estan aqui.